Wykonawcy naliczono karę umowną - w jaki sposób wystawić referencje

Wykonawca oddał budynek 7 dni po terminie umownym. Została naliczona kara umowna i potrącona z ostatniej faktury. Wykonawca wystąpił do sądu o zwrot według niego niesłusznie naliczonej kary. Wyrokiem sądu I instancji inwestor ma zwrócić karę, bo wykonawca wykonywał prace po terminie, ale zakwalifikowano je jako usuwanie usterek. Inwestor wystąpił do sądu II instancji. W grudniu 2010 przy odbiorze stwierdzono usterki i wyznaczono  termin ich usunięcia na dzień 30 czerwca 2011 r. W kwietniu br. w czasie przeglądu technicznego po sezonie grzewczym ujawniły się nowe usterki. Termin ich usunięcia ustalono również na 30 czerwca br. Po kilkakrotnym napominaniu usterki zostały usunięte 2 miesiące po terminie. Znowu została naliczona kara. Biorąc pod uwagę fakt, że kara jest duża, wykonawca wystąpi do sądu, a ten karę zmiarkuje. Wiem, że po zakończeniu naszych sporów wykonawca wystąpi o referencje. Czy należy je wydać? Czy fakty niewykonania w terminie należy zaznaczyć w referencjach?