Aby zmiana umowy była skuteczna, musi przybrać formę pisemną

Od kwietnia realizujemy projekt edukacyjno-promocyjny na zlecenie jednego z ministerstw. Jego akceptacja i płatności podzielone są na etapy, które kończą się spisaniem protokołu odbioru i wystawieniem FV na jej podstawie. Ze względu na oszustwo jednego z podwykonawców (zgłoszone do prokuratury) i wynikające z niego przesunięcie w terminach wystąpiliśmy pisemnie do zleceniodawcy o przedłużenie 1. etapu realizacji zamówienia o dwa tygodnie (miał się kończyć 30 września). Nie wpływało to w żaden sposób na realizację kolejnych etapów, które zostały skończone o czasie (kolejno 30 października i 30 listopada) ani całego projektu. Nasza prośba o przedłużenie wynikała z chęci uniknięcia kar wpisanych w umowie. Osoba wskazana w umowie do reprezentowania zleceniodawcy wyraziła mailowo zgodę na wydłużenie etapu, o którym mowa. Został on zakończony w przesuniętym terminie, spisano protokół odbioru bez wad. Podpisały go obie strony i na jego podstawie wystawiliśmy FV, która została przyjęta. Po około 3 tygodniach otrzymaliśmy płatność, pomniejszoną o dwa tygodnie kary umownej wraz z „korektą” protokołu − nowym dokumentem, w którym widniała informacja o dwutygodniowym opóźnieniu w wykonaniu prac (nie było słowa o tym, że wcześniej otrzymaliśmy zgodę na wydłużenie etapu). Na „nowym” protokole widnieje informacja, że poprzedni protokół uznaje się za nieważny. W umowie z ministerstwem nie ma postanowienia o możliwości wystawiania korekt protokołów, czy anulowania tych już raz podpisanych. Jak to wygląda w świetle prawa?